Penyelenggaraan ibadah haji bertujuan untuk memberikan pembinaan, pelayanan dan perlindungan yang sebaik-baiknya melalui sistem dan manajemen penyelenggaraan yang terpadu agar pelaksanaan ibadah haji dapat berjalan dengan aman, tertib, lancar dan nyaman sesuai dengan tuntunan agama serta jemaah haji dapat melaksanakan ibadah haji secara mandiri sehingga diperoleh haji mabrur.

Kegiatan pokok pelayanan kesehatan haji :
  1. Pemeriksaan kesehatan calon jemaah haji
  2. Pembinaan kesehatan calon jemaah haji
  3. Pelayanan medis
  4. Imunisasi
  5. Surveilans
  6. Kesiapsiagaan Penanggulangan KLB dan Musibah Masal
  7. Kesehatan Lingkungan

Tahap - Tahap Pemeriksaan Kesehatan Calon Jemaah Haji
  1. Pemeriksaan Kesehatan I
  2. Pemeriksaan Kesehatan II 

Pemeriksaan Kesehatan I
  1. Pemeriksaan dilaksanakan di puskesmas oleh dokter puskesmas, dibantu tenaga keperawatan dan analis laboratorium puskesmas sebelum melunasi Biaya Perjalanan Ibadah Haji (BPIH) ke Bank Penerima Setoran (BPS) 
  2. Pemeriksaan bertujuan untuk mengetahui faktor risiko calon jemaah haji
  3. Pada saat pemeriksaan kesehatan I, foto harus sudah ditempel pada lembar Surat Keterangan Kesehatan yang akan diserahkan ke BPS dan sesuai dengan wajah calon jemaah haji. Selanjutnya calon jemaah haji setelah memperoleh kursi (seat) atau terdaftar di Siskohat, calon jemaah haji harus kembali ke puskesmas untuk dilakukan pembinaan lebih lanjut dan dibuatkan buku kesehatan
  4. Pasfoto yang ditempel pada buku kesehatan dan surat keterangan kesehatan harus sama dengan pasfoto yang digunakan untuk paspor haji dan berukuran 4 x 6 cm kemudian dibubuhi stempel puskesmas dan harus mengenai pasfoto. 
  5. Khusus untuk calon jemaah haji wanita pasangan usia subur (PUS) dilakukan pemeriksaan tes kehamilan. Bagi yang tidak hamil untuk mengikuti keluarga berencana (KB), untuk mencegah kehamilan sampai keberangkatan. Kemudian menanda tangani surat pernyataan pada buku kesehatan bahwa jika ternyata hamil menjelang saat keberangkatan bersedia menunda keberangkatannya ke Arab Saudi.

Pemeriksaan Kesehatan II
  1. Pemeriksaan kesehatan II dilaksanakan oleh Tim Penyelenggara Kesehatan Haji Kabupaten/ Kota dengan penanggung jawab Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten/ Kota 
  2. Pemeriksaan kesehatan II dilakukan terhadap seluruh calon jemaah haji untuk menentukan layak tidaknya calon jemaah haji berangkat ke Arab Saudi 
  3. Pelaksana pemeriksaan kesehatan II dan rujukan adalah dokter, perawat dan tenaga kesehatan lainnya yang ditetapkan oleh Kepala Dinas Kesehatan Kabupaten/ Kota
  4. Tim Pelaksana Penerima Rujukan Kabupaten/ Kota adalah dokter spesialis yang ditetapkan oleh Tim Penyelenggara Kesehatan Haji Kabupaten/ Kota 
  5. Pada saat memeriksa calon jemaah haji, calon jemaah haji harus sesuai dengan foto yang terdapat dalam BKJH 
  6. Bagi calon jemaah haji wanita pasangan usia subur harus dilakukan tes kehamilan sebelum divaksinasi Meningitis meningokokus tetravalen 
  7. Pada pemeriksaan kesehatan II ditentukan kesimpulan sesuai dengan hasil pemeriksaan, yang dinyatakan BAIK atau TIDAK BAIK 
  8. Bagi calon jemaah haji yang BAIK kesehatannya diberikan imunisasi Meningitis meningokokus tetravalen.
  9. Dianjurkan mengikuti pembinaan kesehatan hingga waktu keberangkatan ke pelabuhan Embarkasi Haji